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Una de las Direcciones de la Secretaría General es responsable de las relaciones con el Consejo de Ministros y además tiene la responsabilidad de coordinar la gestión del procedimiento de codecisión, que implica relaciones tanto con el Consejo como con el Parlamento Europeo. La responsabilidad supone una doble función de coordinación e información:
Esta Dirección está compuesta por tres unidades: una por cada uno de los Coreper y la tercera, que se ocupa del procedimiento de codecisión y desempeña también la Secretaría del Grupo de Relaciones Interinstitucionales (GRI) en estrecha cooperación con la Dirección encargada de las relaciones con el Parlamento Europeo. Además, dicha Dirección coordina la participación de la Comisión en el G8. La organización de las unidades que se ocupan de las relaciones con el Consejo refleja la propia organización del Consejo y las disposiciones adoptadas por la Comisión para su representación en las reuniones del Coreper.
Aunque formalmente el Consejo es único, en la práctica se reúne en distintas formaciones. Según el artículo 207 del Tratado, "Un comité compuesto por los representantes permanentes de los Estados miembros se encargará de preparar los trabajos del Consejo y de realizar las tareas que éste le confíe". El Coreper se reúne bajo dos formas, el Coreper "primera parte" (representantes permanentes adjuntos) y el Coreper "segunda parte" (embajadores), que se distribuyen la carga de las nueve formaciones del Consejo:
Preparación por el Coreper II:
Preparación por el Coreper I:
(* Se trata de los ámbitos de salud y bienestar de los animales, seguridad alimentaria, veterinario y fitosanitario; el Comité Especial de Agricultura prepara los otros expedientes agrícolas.)
La Comisión está representada en las reuniones del Coreper II por su Secretario General Adjunto y en el Coreper I por el Director encargado de las relaciones con el Consejo, en relación con las direcciones generales competentes para los expedientes examinados. La unidad que coordina la gestión del procedimiento de codecisión se encarga también de la secretaría del GRI.